כחלק ממתקני התחנה נבנתה קרנטינה שתפקידה היה מתקן הסגר לבהמות לפני העברתן את הגבול לישראל או לעבר הירדן. קרנטינות נבנו בדרך כלל באזורי מעברי גבול. כזאת הייתה תחנת הרכבת של צמח.