בניין התחנה המרכזי (הדו קומתי), נבנה לאחר שנת 1905. מבנה זה (התקופה העות'מאנית), המחופה בגג רעפים, דומה מאד לרוב מבני התחנות של הרכבת החיג'אזית בארץ ישראל. הקומה הראשונה שימשה למשרדים ולמכירת כרטיסים, בעוד הקומה העליונה שירתה את משפחת מנהל התחנה. כיום משמש המבנה כמשרדיה של המחלקה ללימודי ארץ ישראל במכללה האקדמית כנרת (תארים: B.A ו M.A). כן מצויים בו חדרי חוקרים ושני מכוני מחקר, שעיסוקם לימוד ומחקר של סוגיות שונות הנוגעות לחקר ארץ ישראל לתקופותיה.